總部辦公室負責辦理臺灣國立大學系統總校長、執行委員、諮詢委員之各項會議，統整系統11校行政工作圈業務執行、控管及考評事項；協助系統11校規劃的交流活動、競賽等。
選擇行政工作圈
結合系統內10所國立大學校院的特色，規劃專業領域、社會人文及跨域課程，成立跨校通識課程、國際講座巡迴系列等教學資源共享，提供系統內學生充沛完整之教學資源；經由大學系統的成立，可承認系統內教師資格、跨校合聘、跨校開課等教師資源整合，以驅動高教品質的提升。
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透過大學系統的資源整合，規劃跨校可共同合作的研究領域，推動群體研究，激發各校的研發能量，積極培育優秀的研究人才，具體呈現跨校跨域的成果並持續朝永續發展的目標邁進。
臺灣國立大學系統在推動國際事務方面，欲建立實質的國際合作平臺，聯合系統成員拓展國際交流業務，業務涵蓋國際學術合作、外語教學資源、海外招生等，藉由系統的整合，集中核心資源，強化十校密切的互動與合作，優勢共享，提升競爭優勢，看見跨校加乘的效益，逐步達成國際化的重點目標及指標，增進系統學校在國際間的能見度。
負責系統內各校有關體育教學、研究、活動及各項業務推動，具備各項運動的專業知能，提供師生員工更多元的體育專業教育或訓練。
